硬骨鱼和软骨鱼是真鱼的两个大类，其中硬骨鱼纲包含肉鳍亚纲和辐鳍亚纲，软骨鱼纲分为板鳃亚纲和全头亚纲。它们最大的区别就是骨头不一样，前者的骨头完全骨化，后者的则是完全由软骨组成。另外，硬骨鱼尾鳍上下对称，大部分有鱼鳔，软骨鱼的尾鳍上下不同，而且没有鱼鳔。
　　一、分类不同
　　鱼的早期分类中，主要分为两纲，一个是硬骨鱼纲，另一个是软骨鱼纲，后来又加入了圆口纲，但后者的结构和人们认知的鱼类不太一样，所以前面两种被合称为真鱼。硬骨鱼又分为两个亚纲，分别是肉鳍亚纲和辐鳍亚纲，而软骨鱼则分为板鳃亚纲和全头亚纲。
　　二、骨头不同
　　无论是硬骨鱼还是软骨鱼，它们的外形特征都大同小异，但骨头却大不相同。硬骨鱼中的部分或全部骨骼已经骨化为硬骨质，鳞片为骨质板状，头骨还有接缝。而软骨鱼的骨头完全由软骨组成，虽然会钙化，但并没有真骨组织。这类鱼的外骨骼不发达，有的甚至退化，身体表面为盾鳞。
　　三、特征不同
　　硬骨鱼的鳃间隔退化了，同时具有鳃盖骨，尾鳍为正尾型，上下是对称的，内部的尾椎末端向上翘起。另外大多数硬骨鱼有鱼鳔，可以调节身体比重，从而更好的上浮和下沉。软骨鱼的尾鳍为歪尾型，有的甚至呈鞭状，鳃裂会单独外露，而且没有鱼鳔，不过其肝部肥大，可以调节身体比重。

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